哈工大是我国较早建立经济管理类专业的院校，20世纪20年代就通过院校合并建立了商科，20世纪30至40年代先后建立了商业运输系、运输经济系、东方经济系等专业。20世纪50年代初通过苏联专家的帮助，为全国高等工科院校开展工程经济教育进行示范教学；1954年建立了“机器制造企业经济、组织与计划”和“动力企业经济、组织与计划”两个专业；1955年成立了“工程经济系”，是我国高等工科院校中第一个建立工程经济方面的科系。工程经济系在培养本科生和研究生的同时，还受教育部和有关部委的委托，为全国高等院校培养了大批管理专业师资，为有关部委培养了大批管理干部，使哈工大成为我国工程经济教育的摇篮，为我国管理教育的普及与发展作出了重要贡献。1978年改名为“管理工程系”。1984年8月，经国家教育部批准，成立了“哈尔滨工业大学管理学院”，是我国首批建立的管理学院之一，1986年获得“管理工程”专业博士学位授予权。哈尔滨建筑大学1980年设立了“建筑管理工程”专业，并组建了“建筑管理工程系”，是我国首批开展建筑管理工程本科教育和建筑经济及管理专业硕士生培养的院校之一，1993年成为我国唯一的建筑经济及管理博士学位授权单位，1999年成立哈尔滨建筑大学管理学院。2000年6月原哈尔滨工业大学与原哈尔滨建筑大学合校，两校的管理学院合并，组成了新的“哈尔滨工业大学管理学院”。2008年3月国际经贸关系学院与管理学院合并组成经济与管理学院。2012年成为东北地区第一家通过AMBA国际商学院认证的学院，2017年先后通过中国高质量MBA教育认证（CAMEA）及AMBA国际商学院再认证。2021年顺利通过AACSB认证。

在60多年的发展历程中，学院在巩固原有优势的基础上，应对我国及世界变化的复杂环境，积极探索、发现管理领域新兴的研究问题及方向，在推动我国管理理论与实践的发展与创新上做了大量的工作，提出若干新的管理理论、方法与技术，使得若干研究领域或保持或达到国内领先水平，在国际上产生一定影响。